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| Research Interests: |
- Mathematical modelling of receptor tyrosine kinase crosstalk mechanisms in
cancer.
- Linking model-derived features to cell fate via machine
learning
- Transcription factor networks for developmental
timing in Zebrafish, RNAseq analysis
- Approximation of prediction
and validation bands via integration methods(Download of analytical
ABC example)
- Optimization techniques, sensitivity computation
- Co-Developer of open-source software Data2Dynamics
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| Publications: |
| H. Hass, F. Kipkeew, A. Gauhar, E. Bouché, P. May, J. Timmer, H.H. Bock |
| Mathematical model of early Reelin-induced Src family kinase-mediated signaling. |
| PLoS ONE (2017) 12(10): e0186927 |
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| H. Hass, K. Masson, S. Wohlgemuth, V. Paragas, J.E. Allen, M. Sevecka, E. Pace, J.
Timmer, J. Stelling, G. MacBeath, B. Schoeberl, A. Raue |
| Predicting ligand-dependent tumors from multi-dimensional signaling features. |
| npj Systems Biology and Applications (2017)
3(1): 27 |
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| D. Kurzhunov, R. Borowiak, H. Hass, P. Wagner, A. Krafft, J. Timmer M. Bock |
| In vivo quantification of oxygen metabolic rates in the human brain with dynamic 17 O MRI: profile likelihood analysis. |
| Magnetic Resonance in Medicine (2016)
78(3): 1157-1167 |
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| T. Maiwald, H. Hass, B. Steiert (shared), J. Vanlier, R. Engesser, A. Raue, F. Kipkeew, H.H. Bock, D. Kaschek, C. Kreutz, J. Timmer |
| Driving the model to its limit: profile likelihood based model reduction. |
| PloS ONE (2016) 11(9): e0162366 |
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| R. Merkle, B. Steiert, F. Salopiata, S. Depner, A. Raue, N. Iwamoto, M. Schelker, H. Hass, M. Wäsch, M. Böhm, O. Mäcke, D.B. Lipka, C. Plass, W.D. Lehmann, C. Kreutz, J. Timmer, M. Schilling, U. Klingmüller |
| Identification of cell type-specific differences in erythropoietin receptor signaling in primary erythroid and lung cancer cells. |
| PloS
Comp. Biology (2016) 12(8): e1005049 |
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| H. Hass, C. Kreutz, J. Timmer, D. Kaschek |
| Fast integration-based prediction bands for ordinary differential equation models |
| Bioinformatics
(2016) 32(8): 1204-1210 |
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| A. Raue, B. Steiert, M. Schelker, C. Kreutz,
T. Maiwald, H. Hass, J. Vanlier, C. Tönsing, L. Adlung,
R. Engesser, W. Mader, T. Heinemann, J. Hasenauer,
M. Schilling, T. Höfer, E. Klipp, F. Theis, U. Klingmüller,
B. Schoberl, J. Timmer |
| Data2Dynamics: a modeling environment tailored to parameter estimation in dynamical systems |
| Bioinformatics (2015) 31(21): 3558-3560. |
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| Invited Talks: |
| 07/2018 | Combining mechanistic modeling of receptor crosstalk with machine learning to predict tumor growth |
7th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells, SBMC2018 |
| 09/2017 | Profile-likelihood based model reduction |
Workshop: ODE Modelling in Systems Biology |
| 07/2017 | Predicting tumor growth and ligand dependence from mRNA by combining mechanistic
modeling with machine learning |
Conference of Systems Biology of Human Disease: SBHD2017 |
| 02/2017 | Mechanism-based learning connects response to growth factors with their expression in
tumors |
Bioinformatics Club Freiburg |
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| Awards: |
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MTZ-Award 2018 für herausragende Dissertationsarbeiten auf dem
Gebiet der medizinisch orientierten Systembiologie |
| Alumni Award
2014 from the University of Freiburg |
| 10/08 - 04/13: Scholarship awarded from Friedrich-Ebert-Stiftung |
| 01/08 - 04/13: Scholarship
awarded from e-fellows.net |
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| Curriculum Vitae:
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| detailed CV |
| Since 01/2018 | Postdoctoral Researcher in the group of
Prof. Dr. Jens Timmer,
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg |
| 02/2016 - 09/2016 | Intern at Merrimack Pharmaceuticals, Boston, MA, USA |
| 01/2014 - 12/2017 | PhD student in the group of Prof. Dr. Jens Timmer,
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Quantifying cell biology: Mechanistic dynamic modeling of
receptor crosstalk |
| 10/2005 - 04/2013 | Student of physics at
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Diploma Thesis
(advisor Prof. Dr. Karl Jakobs):
 
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| 10/2007 - 07/2011 | Bachelor study of economics at
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg |
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Helge Hass
Habsburger Strasse 49
79098 Freiburg
hhass at physik.uni-freiburg.de (replace " at " by @)
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Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Datenschutzbeauftragter
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